Untergebracht war die Bibliothek im ersten Obergeschoß des damaligen Hauptgebäudes der Frankfurter Universität, des „Großen Collegienhauses“, das zwischen 1498 und 1507 errichtet und nach dem 30jährigen Krieg grundlegend umgebaut und um ein Stockwerk erhöht worden war. Um 1800 war insbesondere das Dach wieder sehr renovierungsbedürftig, außerdem hatte man keine Heizung in den Räumen, was das Arbeiten in der Bibliothek insbesondere im Winter nicht gerade angenehm machte. Wegen der Feuergefahr war in den Bibliotheksräumen kein künstliches Licht erlaubt, was aber auch gar nicht nötig war, da die Bibliothek in der Regel sowieso nur mittwochs und samstags jeweils zwei Stunden am Nachmittag geöffnet war.

Das Gebäude überstand den Zweiten Weltkrieg, wenn auch beschädigt, wurde dann aber von den Verantwortlichen der Stadt dem Verfall preisgegeben und musste zu Beginn der 1960er Jahre einem Wohnviertel weichen. Heute erinnern an seiner Stelle nur noch eine Gedenktafel und der Name einer Bushaltestelle an die drei Jahrhunderte währende Universitätstradition in Frankfurt an der Oder.