Biblioteka umieszczona była na pierwszym piętrze ówczesnego budynku głównego Uniwersytetu Frankfurckiego, w tzw. "Dużym Budynku Collegium". Budynek ten zbudowany był w latach 1498 - 1507, a następnie po zakończeniu wojny 30-letniej został gruntownie przebudowany i podniesiony o jedno piętro. Około 1800 roku stan budynku, a w szczególności dach, wymagał znowu remontu. Poza tym w pomieszczeniach nie było żadnego ogrzewania co szczególnie w zimie nie było przyjemne dla pracujących w bibliotece. Z powodu zagrożenia pożarem w pomieszczeniach biblioteki zabronione było używanie sztucznego światła. Nie było to zresztą konieczne, ponieważ biblioteka z reguły otwarta była tylko po południu w środę i sobotę każdorazowo po dwie godziny.

Budynek biblioteczny chociaż uszkodzony przetrwał drugą wojnę światową. Niestety, po wojnie władze administracyjne miasta pozostawiły budynek na pastwę losu i musiał on na początku lat 60-tych ustąpić miejsca osiedlu mieszkaniowemu.  Dzisiaj o istniejącej prawie 300 lat Bibliotece Uniwersyteckiej we Frankfurcie (n. Odrą) przypomina tylko tablica pamiątkowa oraz nazwa przystanku autobusowego.